明代的
军事机关体制是经过几度调整变革然后才比较固定下来的。
以中央军事领导机关来说，起义时期，朱元璋以都
元帅身份自主行枢密院事，亲自指挥全盘军事，以后，改行枢密院为大都督府，设大都督一人，名义上是“节制中外诸军事”，其实，一切大小军政，包括军官任免、
军队调遣、
战役指挥、
战略考虑等，都由都元帅决定，大都督府不过是主持后勤给养。军丁军户管理、考绩、马政等日常事务。大都督当然也要统军作战，但只能奉命进止，不许擅作主张。当时，朱元璋在行中书省内设户、礼、刑、工四部，独不设吏、兵二部，正说明人事和军事大权不容假借于人。即使如此，到吴元年（公元1364年）还是对此作了部分的调整，虽然仍保留大都督府，但裁免去大都督一职不设，改设左、右都督、同知都督、副都督、佥都督若干人，均为大都督府的长官。很显然，这样做的目的是为了众设多官而分其事权。
明王朝建立后，在中书省下的六部已有兵部，这对一个统一的封建大帝国来说，是实不可少的。明初，将原来由大部督府掌管的武官任免、考绩、荫袭、军队的训练、后勤给养、军丁军户管理等军事行政工作划归兵部掌管，大都督府仅保留统率全国军队的职权。
到洪武十三年（公元1680年），在撤废中书省的同时，朱元璋也宣布彻底改组大都督府，将大都督府分设为前、后、中、左、右五军都督府。中书省和大都督府的同时大变动，是当时明王朝中央军政制度大改组的两翼，其重要意义实不相上下。当时还规定，五军都督府互不统辖，应该分别与兵部直接联系工作，而统一奏请
皇帝裁定。每一个都督府内又都设有一小群都督，计有左右都督、都督同知、都督佥事、副都督等，俱为负责官员，由朝廷指定各都督府分别统率全国各都司、卫、所，不得随便变动。至仇，统军的部门便一分而为五，领导人更是由一个增加到好几十个。任何统军的都督都绝不可能率本部军兵与朝廷对抗了。
其实，任何一个都督府及其中的任何一个都督，连率领本部军兵的权力也是没有的。因为明王朝还规定：兵部有出兵之令而无统兵之权，五军都督府有统军之权而无出兵之令。有军事行动时，兵部奏请委派某一都督府某一都督率兵出战，而分调其他各都司、卫、所的兵丁归其指挥。军事行动结束，将帅即归回原都督府，兵丁归回原工所建制。这种体制显然是为了防范军权旁落，是为了对将帅们的职权有意掣时，其必然结果是，要付出大大削弱自己军事威力的代价。
明代设在地方统率军队的部门分为都指挥使司、卫、所三级。
都指挥使司又叫都司，是负责一个地区统率军队的领导性机关，辖有若干个卫和所。都指挥使司是省一级“三司”之一，设都指挥使一人，都指挥同知二人，都指挥佥事四人，还根据需要设置若干僚佐胥吏。全国各个都指挥使司分别辖属五军都督府领导。
在都司以下，军队的组织分为卫、所两级。每卫设指挥使一人为长官，大体上统兵5600人。卫以下再分为五个千户所（最早是每卫辖十个千户所，后改为五个），设千户为长官，统兵1120人。千户所以下再分为十个百户所，设百户，统兵为12人。在百户之下设总旗二，每个总旗领小旗五，每小旗领军10人。
卫、所的分布，主要根据军事的需要，一般在形势险要的地方设卫，以下再分设千户所为军事据点。除此以外，明代还设有专门的特殊卫所和军队，如所谓亲军各卫，又叫上十二卫，是专门负责警卫星宫皇城的御林军，其中的锦衣卫还逐渐发展成为特种的Ｚ压部门，由皇帝直接指挥做缉捕刑狱的工作。这些卫不归五军都督府统率，直属皇帝指挥。又如在军队中设有京军三大营，也是皇帝直属的装备最好、训练校精的特种
部队，五军都督府对它们是无权过问的。
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